Felipe II fue hijo del emperador Carlos V y de Isabel de Portugal. Desde muy joven fue preparado para desempeñar su cargo de rey.

Tras la abdicación de Carlos I en 1556 gobernó el imperio integrado por los reinos y territorios de Castilla, Aragón, Navarra, el Franco-Condado, los Países Bajos, Sicilia, Cerdeña, Milán, Nápoles, Orán, Túnez, toda la América descubierta y Filipinas. A estos vastos territorios se le unió Portugal y su imperio afroasiático en 1580. Con Felipe II (1556-1598) la hegemonía española llega a su apogeo.

Carlos I había cedido en su abdicación a su hermano Fernando el Imperio Alemán y las posesiones de los Habsburgo en Austria. En adelante, dos ramas de la misma dinastía gobernarán en Madrid y Viena.

Tras viajar por Italia, los Países Bajos. Felipe II se asentó en la nueva capital, Madrid, desde donde gobernó con plena dedicación su enorme imperio. A diferencia de lo que ocurrió con su padre Carlos I, con Felipe II el centro de gravedad del Imperio se asentó en la península, especialmente en Castilla.

Los principales problemas internos del reinado de Felipe II fueron la muerte en 1568 del príncipe heredero Carlos, que había sido arrestado debido a sus contactos con los miembros de una presunta conjura sucesoria promovida por parte de la nobleza contra Felipe y la poderosa figura de su secretario Antonio Pérez, quien finalmente fue destituido y acusado de corrupción. Huyó del país y se convirtió en un activo propagandista contra Felipe II. Apoyado por los enemigos exteriores del rey, fue un elemento clave en la formación de la "Leyenda Negra".

Sus sucesivos matrimonios fueron parte importante de su política exterior. Se casó por con María de Portugal en 1543 y, tras su muerte, con María I Tudor, reina de Inglaterra, en 1554. La pronta muerte de la reina que trajo de volver al catolicismo en la isla, llevó a que Felipe se casara con la francesa Isabel de Valois en 1559. Al quedarse nuevamente viudo y sin herederos varones, se casó por cuarta vez, en 1570, con su sobrina Ana de Austria, madre del sucesor al trono español, Felipe III.

La idea de la unidad religiosa marcó la política de Felipe II. No dudó en intervernir ante la amenaza de las incursiones berberiscas y turcas en las costas mediterráneas. Felipe II obtuvo una gran victoria, aunque no la definitiva, en la batalla de Lepanto en 1571. En el interior peninsular el monarca reprimió duramente las sublevaciones moriscas como, por ejemplo, en las Alpujarras granadinas.

En Europa se enfrentó con Francia por el control de Italia (Nápoles y el Milanesado). La paz en Cateau-Cambrésis en 1559 fue favorable a los intereses españoles en la península italiana.

Tras la muerte de su esposa María Tudor, las relaciones se hicieron cada vez más hostiles con Inglaterra, que apoyaba a los rebeldes protestantes en los Países Bajos. El intento de invadir la isla en 1588 con la Armada Invencible acabó con un gran fracaso que inició el declive del poder naval español en el Atlántico.

Felipe II no pudo acabar tampoco con el conflicto político (mayor autonomía) y religioso (revuelta calvinista) generado en los Países Bajos. Ninguno de los sucesivos gobernadores pudieron impedir que la rebelión se asentara y llevara finalmente en el siglo XVII a la independencia de las Provincias Unidas (actuales Países Bajos)

Uno de sus mayores triunfos fue conseguir la unidad ibérica con la anexión de Portugal y sus dominios, al hacer valer sus derechos sucesorios en 1581 en las Cortes de Tomar, tras morir sin descendencia el rey portugués Sebastián.